病原物-寄主互作中的转录图谱2011339关键词：聚类分析，遗传基因组学，元分析，最低限度信息，微阵列，植物实体，信号转导级联反应摘要：使用基因组技术可以解决在整个发育过程或者生化途径背景下的的研究假设，基因网络，相关基因的染色体位置并且可以推断其进化史。通过一系列的平台，研究者可以用多种试验和条件研究整个转录物组。这些数据的诠释产生新的见解，并可以揭示之前没有描述过的现象。在植物病菌相互作用的领域，转录图谱在以下给出了前所未有的见解：以基因对基因为基础的防御和基础防御的机制，寄主对非寄主，生物存活者与死亡者，维管与非维管病原体的致病性。这样，基因组技术使广泛系统方法更加便与在寄主与病原体相互作中统一理论和独特特征。引言通过多种试验和条件研究可以解决在整个发育过程或者生化途径背景下的研究假设。根据全基因组序列，关于RNA快速积累的数据和蛋白表达模式使判断基因如何对复杂的表现型起作用成为可能。转录图谱的遗传继承性可被用于绘制染色体的相关位置，调整其位置。另外，基于已知作用的基因的表达模式，比较在模式生物中的基因表达网络和作物物种可被用于推断作用和进化史。植物病理学中的热点包括以基因对基因为基础的防御和基础防御的机制，寄主对非寄主，生物存活者与死亡者，维管与非维管病原体的致病性。已经阐述了不同的表达技术和在大规模生物学统计设计的重要性。我们着重在关键的系统，比如怎样有效地利用转录图谱来促进在寄主-病原物方面的生物发现。随着在公共数据库中大量的微阵列数据的增加，使用元-图谱方法作出结论建立多种实验，也很有益。不同的实验设计和操作是公认的避免得到错误结论的前提。在之前共数据中可以得到新的信息，不同的基因表达模式可用于包含几个试验的元分析的涉及的观点。模式系统用于作物：不仅仅是只在拟南芥中平行表达图谱，曾经被认为仅仅在有基础结构的大的研究群体有用，现在认为可以用于小的群体和单独的实验室。生物的多数微阵列平台通过商业和公共资源存在。现货供应，高密度DNA阵列现在应用于大麦，小麦，水稻，玉米，甘蔗，葡萄，柑橘，杨树，土豆，拟南芥，芸苔，棉花等其他物种。微阵列除了可以用于检测平行基因中成千上万的表达，许多方案已经应用这个技术通过多物种阵列的共同刺激发展研究寄主和病原物，比如大豆/豆疫酶（根腐）/线虫病（大豆囊肿），苜蓿属/紫蓿/根瘤菌,禾谷镰刀菌(scab),水稻/稻瘟病(riceblast).许多公司与研究者合作生产常规阵列（寡核苷酸测定位点）在一个合理的价格。这个可行的技术提供了一个机会，在相同实验条件下研究寄主与病原物整个途径的调节。实验设计要考虑的事不同的设计回答不同的问题典型的，有人对mRNA的转录图有兴趣，在一系列特殊条件或者处理被大量积累或者减少。处理是涉及到的控制条件的转录图谱的困扰，可能是一个植物病原体基因型，一个突变体，一个时间进程，温度，或光照条件等。在病原物-寄主互作中，这对于结合候补植物基因型的时间过程或分离的病原体引出的应答非常有用，可以用一个假设用相关的有价值的历史知识来验证。实验至少应该这样设计，可选的假定可以做出评估。环境因素一定要考虑到(生长地点，温室，大田)，寄主基因型(相同基因型或多种基因型)，病原物菌株（反应，相同基因型或多种）和接种技术。最终，表达图谱的特定应用依赖于被问到的问题。如果表达数据用于描述确定的生物学系统的结论，比如寄主-病原物互作，严格的统计设计，重复，和分析是很重要的。另外，还可以为下游功能分析提供支持，通过对特殊基因或者敲除突变体转录的分析实验。不管是问什么问题，或者询问什么系统，与分析表达专家详尽的讨论是你设计表达图谱或者其他在大规模生物学中试验的一个先决条件。使用案例：多重侵袭和反侵袭策略致力于白粉病的三个例子说明用作平行表达图谱的差别。第一个案例解决机制：病原物阻止寄主防御反应，以便建立基本的亲和性或者生物活性。植物易感或者抗病的机制是什么？Caldo和他的同事们研究了全部的转录数据，在大麦和白粉病Blumeriagraminisf.sp.hordei中亲和与不亲和互作中总体转录产物积累量的不同.。几...
